Las preocupaciones con alergias relacionadas a la soya son exageradas: es necesario muchas más proteínas provenientes de la soya para inducir una reacción alérgica comparado con la cantidad de proteínas necesarias para el mismo efecto proveniente de otras fuentes proteicas. Otros alimentos con potencial alergénico mayor que la soya, en este orden, incluyen: leche, huevo, pescados, crustáceos, trigo, cacahuates y nueces.

Esto no es verdad. Ejemplo es Lascka 1999: la misma tasa de crecimiento, misma tasa de mineralización ósea en niños alimentados con ambos alimentos. Las leches de soya tienen los mismos requerimientos nutricionales de seguridad propuestos por el US Infant Formula Act.

Esta preocupación está basada en estudios realizados con animales, pero necesitamos tener en mente que animales y humanos son muy diferentes en términos de metabolismo de hormonas. Hay muchos estudios que demuestran, por ejemplo, que fórmulas infantiles a base de soya no tienen efectos estrogénicos (GU 2006. Giampietro 2004; Strom 2001).

No hay evidencia que sustente tal afirmación. (Ejemplo: Malloy 1998, no encontró efecto en el QI).

No hay evidencia sobre el efecto de la soya en la supresión inmunológica. Quizá una incidencia muy poco aumentada de diarrea.

Dosis muy altas de isoflavonas pueden causar este tipo de efecto, pero solamente cuando la ingesta de yodo es baja o la presencia de enfermedad de la tiroides es hereditaria. Antes de 1996, la harina de soya (de mucho mayor contenido de isoflavona) fue usada en lugar del aislado de soya en muchos productos.

Munro (Nutr Rev 2003) en su revisión sobre la seguridad de las isoflavonas demostró que no hay razón de preocupación en relación al consumo de soya y el correcto desarrollo y reproducción.